ساختار فرماندهی نیروهای مسلح پس از بیش از چهار دهه فعالیت دو مجموعه مستقل اما مرتبط، وارد مرحله‌ای جدید شده است؛ با تکمیل روند ادغام ستاد کل نیروهای مسلح و قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا(ص)، دو کارکرد مهم مدیریت و هماهنگی کلان از یک سو و فرماندهی عملیاتی از سوی دیگر، در قالب یک ساختار واحد قرار گرفته‌اند.